（一）管理制度与内控手册关系不够明晰
内部控制是通过制度、流程和表单体现出来的。因此，我们在内控建设中，包括日常管理中要有“管理制度化、制度流程化、流程表单化，手册系统化”的逻辑，单位在日常管理中都会有一套制度，考核也好、管理也好，也会有表单和流程，甚至会形成工作手册。但如果从内控的角度出发，是否系统化，是否立足管理现状，全面梳理各项管理制度和管理体系，从管理体制、机制以及落实各级权利责任、风险分析等方面，将内部控制的要求融入各项管理体系中，形成内部控制的长效机制，使内部控制真正为经营管理服务，即融入管理制度、流程和表单中去。内部控制建设不是另起炉灶，而是对原有的管理体系进行优化并使之满足内部控制规范的要求。因此，内部控制手册与内部控制建设之间没有必然的联系。
（二）内控建设流于形式，没有实现流程再造
内控建设就要将风险、制度、流程结合起来，将内部控制方法嵌入流程设计过程，形成制度管人，流程管事的局面。在实践过程中，大多数单位只关心财务内控，往往忽略业务和业务流程，在资产管理、收入支出、合同管理等六大经济业务中，只关心付款的控制，而不注重其他环节的控制，不注意岗位的牵制、不相容岗位以及归口管理，使流程再造不能深入到各个环节，不能贯穿于各个业务活动领域，成为财务部门闭门造车，导致内控成为形式和空话，内控组织体系成为虚设，导致有内控无执行的尴尬局面。
（三）内控手册仅是制度梳理，缺乏具体工作流程和流程图
单位的业务流程一般分为两类，一是管控类，比如收支业务的审批，决策、审批、授权、签字等，很多单位认为单位的审批签字业务即是业务流程与流程图；二是业务类活动，专项业务需要根据内控的需求，按照决策、执行和监督相对分离、相互制约的原则，采取不相容岗位相互分离、归口管理等内控措施，对业务工作进行梳理，明确风险，设计关键节点，结合职责分工，授权管理等方面，建立相关流程和流程图。
虽然各个行政事业单位业务活动千差万别，但从同行业而言，比如教育、卫生、司法等等部门会有很多相同的业务，作为行业的主管部门，上至国家及省市层面，可以以行业为单位，每个行业推广成功的案例，供行业部门单位参考。
